ปัจจัยที่ทำให้เกิดโรคกระเพาะอาหารมาจาก 4 สาเหตุใหญ่ๆ ได้แก่
เกิดจากความบกพร่องทางร่างกายที่ติดตัวมาตั้งแต่กำเนิด อาจมีเนื้อเยื่อบุกระเพาะที่ไม่แข็งแรง ไม่สามารถทนกรดและน้ำย่อยที่หลั่งออกมาได้ นานวันเข้าจึงทำให้เกิดแผลและเป็นโรคกระเพาะอาหารตามมา
เกิดจากภาวะทางอารมณ์ การทำงานหนักบนแรงกดดันสูง มีภาวะความเครียด วิตกกังวล หงุดหงิด นอนไม่หลับและพักผ่อนไม่เพียงพอ
เกิดจากลักษณะการใช้ชีวิต มีลักษณะการรับประทานอาหารที่ไม่ดี กินเร็ว รีบเร่ง ทานอาหารไม่เป็นเวลา อดหรือข้ามมื้ออาหาร ดื่มชา กาแฟมากเกินไป ดื่มเครื่องดื่มที่แอลกอฮอล์ สูบบุหรี่ หรือทานยาบางตัวที่ทำให้เกิดอาการระคายเคืองในกระเพาะอาหาร เช่น ยาจำพวกแอสไพริน ยารักษาโรคกระดูก ข้อ ยาที่มีส่วนผสมของสตีรอยด์
เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย ชนิด “เฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไร” ซึ่งเป็นสาเหตุทำให้ผนังและเยื่อบุกระเพาะอาหารอ่อนแอลง มีความทนทานต่อกรดและน้ำย่อยน้อยลง ทำให้แผลหายช้า นอกจากนี้ เฮลิโคแบคเตอร์ ไพโลไรยังเป็นเชื้อที่ทำให้มีความเสี่ยงในการเกิดโรคมะเร็งกระเพาะอาหารได้อีกด้วย
โรคกระเพาะอาหารอักเสบ (Gastritis) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่าโรคกระเพาะ เป็นโรคที่เกิดจากการอักเสบหรือเกิดการระคายเคืองบริเวณเยื่อบุภายในกระเพาะอาหาร สามารถเกิดขึ้นได้แบบเฉียบพลันในระยะเวลารวดเร็ว เป็นในระยะสั้น ๆ และหายภายใน 1-2 สัปดาห์ หรือมีอาการบ่อยครั้งเป็นระยะเวลานานจนเกิดการอักเสบเรื้อรัง ทำให้เกิดแผล และเพิ่มความเสี่ยงในการเป็นโรคมะเร็งกระเพาะอาหารได้
ทั้งนี้คำว่าโรคกระเพาะ เป็นคำเรียกรวม ๆ ของโรคที่เกิดจากภาวะที่มีแผลในเยื่อบุกระเพาะอาหารหรือลำไส้เล็กส่วนต้นถูกทำลาย ซึ่งครอบคลุมหลายโรคด้วยกัน ตั้งแต่แผลในกระเพาะอาหาร โรคกระเพาะอาหารชนิดที่ไม่มีแผล โรคมะเร็งกระเพาะอาหาร รวมไปถึงโรคกระเพาะอาหารอักเสบที่กล่าวถึง
สภาวะปกติภายในกระเพาะอาหารจะมีความเป็นกรดสูง ทำให้ต้องมีการสร้างชั้นเยื่อเมือกเคลือบป้องกันกรด ซึ่งเยื่อเมือกที่ว่านี้จะประกอบไปด้วยต่อมที่มีหน้าที่ในการหลั่งกรดและเอนไซม์ต่าง ๆ เพื่อช่วยในการย่อยอาหาร แต่เมื่อกระเพาะอาหารเกิดการอักเสบขึ้นจากหลายสาเหตุ โดยเฉพาะการติดเชื้อโรคต่าง ๆ ทำให้กระเพาะอาหารผลิตกรด เอนไซม์ และเมือกที่ช่วยเคลือบป้องกันกระเพาะอาหารได้น้อยลง จึงส่งผลต่อการย่อยอาหารนานขึ้น ผิวกระเพาะอาหารเกิดอักเสบได้ง่าย